Я конечно же не отвечаю за то что ничего не испортится, но я так делал раз 10, подключал второй диск всмысле, я использовал его как флэшку
SATA и ESATA совершенно одно и то же, разница только в форме разъёма
http://www.tehnari.ru/f25/t38077/#post363228 , есть даже инструкции как делать переходники своими руками
Про системный разъём ни разу не слышал, это же последовательный порт, так же как юсб, то есть главного там не может быть, то - с какого разъёма грузиться виндовс выбирается в биосе, и обычно от порта вообще не зависит, а зависит от подключённого к нему оборудования, у меня было несколько случаев когда после втыкания HDD с виндой не в тот порт винда не грузилась, но стоило воткнуть его в тот порт и всё работало, так что я делаю вывод что через какой порт винда установлена то через тот и будет работать