Серьезная защита дело серьезное. Ее так, двумя телодвижениями не сделать. В свое время я об этом думал. Вот смотрите, если у злоумышленника будет физический доступ к вашему компу, то против лома нет приема. Его всегда можно взломать и если не загрузить ОС, то слить информацию. Если же говорить о защите от "любопытного брата", ну чтоб не смог загрузить ОС. То вот вам вариант.
Ставите Линукс, каталог /boot, или /home(что мне кажется проще) ставите на флешку, загрузчик ставите grub
http://www.gnu.org/software/grub/ и ставите его в MBR диска с Виндой, на grub ставите пароль.
Как я представляю, это может работать, Винда не загрузится без grubа, поскольку уничтожена ее запись в MBR, Линукс не загрузится пока вы не вставите флешку, зашифрованный груб, загружает дефолтную загрузку,а у вас будет стоять в дефолте Линукс. Эх, красота....
Но любой разбирающийся человек, сможет загрузиться с Лив-СД или загрузочного диска Винды и востановить MBR ... опять все старания на смарку...
Но видите, в моем варианте взлом пароля Биоса, вытаскиванием батарейки не решает проблему...