Его и нужно ставить перед L1, чтобы лишний раз не насиловать дроссель.
Зависит от тока потребления.
Скорее всего не страшно, только конструктивно разнесите их как можно дальше и сориентируйте так, чтобы они были расположены друг к другу под прямым углом.
Весь фильтр желательно полностью экранировать.