Самое правильное - это расположение микросхем посередине радиатора. Снизу располагают потому, что так удобнее запаивать выводы микросхем в печатную плату. А расположение сверху или снизу - распределение тепла по металлу не зависит от положения радиатора, оно будет зависеть от конвекции воздуха через радиатор - снизу вверх. Если правую картинку перевернуть, то разницы не будет...