А если попробовать перекалибровать? Поиграться с уровнем сигнала подаваемого на обмериваемый динамик?
У Вас входы правильно указаны для звуковой карты? У меня при калибровке сначала отрицательные значения измерительного сопротивления получались, пока не поменял местами левый и правый входы звуковой карты в настройках программы. На всех схемах "коробочки", которые мне попадались сигнал непосредственно с выхода усилителя подавался на левый вход звуковой карты, а сигнал снимаемый с измеряемого динамика подавался на правый канал. А в настройках Speaker Workshop по умолчанию наоборот включены входы.