Чтобы убить систему полностью, не оставляя лишних "хвостов", из-за которых в последствии могут быть различные глюки, придется полностью форматировать диск!
Если предположить, что рабочая система стоит на диске "С", а вам нужно удалить систему с диска "D" - то все равно придется форматировать его.
У меня была подобная проблема. Я взял свой винт и пошел к другу, слил всю всю важную информацию на его жесткий диск, отформатировал полностью свой, сделал по новой разбивку на логические диски и поставил Винду.
Если переустановка Винды не является для вас проблемой - это наилучший вариант!