Я в семерке столкнулся с такой вещью (грешу или на семерку или на антивирус, который там стоял): в случае сбоев она метит файлы и папки признаком "Скрытый" и их становится не видно.
Признак этот старый был и в других вындах. Чтобы их стало видно, нужно в настройках вынды, а именно в настройках внешнего вида папок (сам долго искал, не сразу догадался что это именно внешний вид) установить признак "показывать скрытые файлы"....