проблема я думаю не в шлейфе а в биосе. Если у вас второй винт и привод саташные то у них приоритет перед ide (даже в режиме master) а проблема эта скорее по тому что мать (могу предположить на 965 чипе) не имеет IDE контроллера и он эмулируется специальным контроллером. Короче в биосе надо правильно настроить этот контроллер чтобы и SATA и IDE работали одновременно.