сталкивался с подобной проблемой, тогда причина смешная просто была. в диспетчере устройств отображалась мышь, поставщиком драйверы была... лаборатория касперского. (каспер 2009, корпоратив лицензия). убили касперского, поставили родные дрова, все заработало.
причина №2 возникновения данной проблемы: частично поврежден кабель/разъем матплаты. бывает домашние животные провода грызут, бывает просто жилки в кабеле слабоваты, управляющая перетерлась. если +5v и GND целые, светодиод продолжит гореть, но работать девайс не будет.
для начала советую другую мышь попробовать, если проблема не устраняется, то искать ее уже в программной части, ворошить систему, драйвера, поменять интерфейс (с PS/2 на USB или наоборот).
для одноразовой антивирусной проверки очень хорошо подходит бесплатная утилита Dr. Web Cure It. качается с сайта производителя.