Настройки, пароли, все папки, сортировка, все письма и пр. хранятся в папке с именем ящика.
У меня несколько ящиков, я их все поместила на другом диске и имеется архив, помещённый в облаке (на всякий случай, чтобы не потерять). При создании нового ящика (при настройке The Bat!} я просто указываю нужную папку, при этом все настройки сразу появляются.
У меня The Bat! работает со всеми ящиками на трёх компьютерах (на работе и 2 дома), удаление писем с сервера настроено только на одном компьютере...