Если опера на java, то вполне возможно, закладки удалились после неправильного завершения приложения.
А на счет нехватки места, так это врятли, т.к. закладки весят очень мало, а сам телефон не сможет дать заполнить себя совсем под завязку, по этому для закладок, думаю место найдется всегда.