Похоже, с моей стороны была глупая ошибка.
Я подключил внешний HDD и он почему-то прописался в BIOS как диск, с которого должна происходить загрузка.
Хотя до этого я сам выбирал диск с системой как первый при загрузке.
Так что, комп банально пытался грузиться с другого диска.
На всякий случай, я выставил в ноль не только ключи в ветке CurrentControlSet, но и в ветках: ControlSet001, ControlSet002, ControlSet003.
Хотя, не думаю, что это сыграло какую-то роль.