Когда ни с того ни с сего у меня жесткий полетел, я тоже ждал включения компа по получасу, а то и больше.
Проверте диск.
Есть хорошая (может и старая, но надежная) програмка - HDD Regenerator по-моему, если мне память не изменяет. Распакуете ее на дискету или запишите да диск (по ходу установки разберетесь) и вперед! Перезагружаете комп, ставите загрузку с флопи или диска (смотря какой у вас носитель) и ждете окончания проверки. Помнится мне, последний раз проверял сутки - зато все бады исправил.