думаю это не только авто загрузка.
на сколько занят диск? и какой у него обьем?
на вирусы сканировался? пк \ и Хард?
жестки , не греется во время работы больше обычного?
проверь сам шнур юсби (протестируй с другим )
кроме этого - не где тормозов,и подобного эфекта,больше нету?
-
что за пк? конфигурацию напиши.