А у вас софт лицензионный? У меня был случай с проектом под Альтеру, компилил в нелицензионном Квартусе. В итоге проект на JTAG работал, после прошивки ППЗУ нифига вообще ничего не работало( Опытным путём обнаружил что если создавать загрузочный файл в автоматическом режиме-он получается кривой и не работает. В ручном режиме создал-всё заработало.
И даже если у вас софт лицензионный-там могут быть ограничения о которых производитель софта не всегда говорит. С Альтерой мне рассказывали-запускали их IP ядро, оно работало 40 минут и кранты)