Не знаю о каком пульте идёт речь, но предварительно: контроллер исправен, прошивка исправна, дешифратор исправен (цифры бы не отображались, и секундные точки не мигали, при несоблюдении хотя-бы одного из условий).
Нужно разбираться либо с логикой управления (что-то где-то не так настроили в настройках), либо почему МК не считает импульсы с RTC.