Если напряжение на выходе завышено, а наматывалось по рассчётам програмки, то есть очень большая вероятность того, что в одной части первички количество витков меньше чем во второй. Другими словами в одной половинке 3 витка, а во второй 4, либо 2 и 3. Вот оно и накачивает исходя из меньшего количества витков, тем самым коеффициент трансформации отличается от необходимого.
Совет:
возьми ферритовое колечко с любыми *приемлемыми* размерами, тот же 28*16*9 и намотай в один провод любым доступным сечением, лишь бы влезло в окно. Затем подключи к плате и проверь , что получилось.
А вообще лучше обзавестить вот такой приблудой, она здорово меня выручает при изготовлении трансформаторов и проектировании разных самоделок.