Копирование разделов, не лучший вариант. Я бы делал через бэкап системы (сделать бэкап системы и развернуть его на системный раздел большого диска), а информацию со второго раздела маленького диска, "перекидывать" на второй раздел большого диска простым копированием, прямо из системы.