Сколько лет плате и блоку питания?
Встречал такое, когда не хватало питания на порты. Проблема может быть в любом месте.
P.S. Для проверки подключите клавиатуру не напрямую, а через USB-хаб с дополнительным питанием. Лучше и мышь взять USB и подключить туда же.