Оставляете единственный рабочий винчестер.
Запускаете систему с установочного диска Windows.
Выбираете восстановление системы.
Входите в командную строку. По очереди выполняете
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
bootrec /rebuildbcd
bcdboot C:\Windows
Проверено на семёрке. Должно работать на восьмёрке и десятке, просто сейчас нет под руками и лень ставить.