Тот вентилятор что 2 пин к мамке подключен, а на мамке термодатчик стоит который его и раскручивает на полные обороты, значит мамка "думает" что так нужно. Вопрос почему она так думает? Что внутри системника корпус греет не задумывались ? Подключить к процу можно конечно но не факт что регулятор оборотов выдержит двойную нагрузку, и вполне может быть что он на минимальных оборотах крутится а значит толку будет ноль...
И ещё: термодатчик от БП не подойдёт потому что он регулирует обороты по нагрузке а не по температуре воздуха. Для начала советую снять решетку закрывающую задний кулер, количество шума существенно уменьшится.