По идее часть файло должна была остаться на прежнем месте, а вторая часть - на флэшке. Потерятся могли максимум пару файлов. Но Windows - это чудо. Может где-то и сбойнул. Файлов точно нет ни там ни там? Можно использвать программу BadCopyPro - если после перемещения на винчестер ничего не записывалось - то шанс восстановить данные есть.