1) В старых BIOS если для порта, на котором сидит, скажем, IDE'шный CD-ROM, принудительно установлено NONE, то для BIOS он как загрузочное устройство не существует.
2) Старые мат. платы также могут оказаться неспособными загружаться с флешки или даже вообще любого USB-устройства.
3) Под рукой нет, но периодически попадаются материнки, в CMOS Setup'е которых есть отдельные меню, в которых выбирается порядок устройств: в одном - жёсткие диски, в другом - сменные носители. А в Boot Priority выбор между этими списками (причём здесь видно только первое в каждом списке устройство).