То что работает на столе, в автомобиле работает не всегда.
Виной тому "грязное питание" и помехи, вызванные системой зажигания.
По всем правилам построения электроники для автомобиля, цепи питания проектируются из расчета импульсной помехи порядка 90 В. Входные цепи должны иметь помехозащиту, сравнимую с требованиями к производственному оборудованию.
Конкретно в Вашем случае нужны фильтры по питанию, экранировка входных проводов, схема защиты входов МК от перенапряжения. С помехами по входу проще всего бороться программными методами.