программы, чистящие файлы, помеченные как "удаленные", лишь затирают освободившиеся сектора перезаписью в несколько проходов, в MFT записывают новые названия файлов. удалить полностью можно только полным низкоуровневым форматированием (low-level format), но это с переустановкой системы и всего софта. но тогда через командную строку командой systeminfo будет видно, что ОС недавно установлена, желательно дату в биосе и в винде при установке сменить тогда.
еще вариант:
по запросу "удаление из MFT" гугл выдает несколько программок, которые затирают нулями записи в MFT (по идее то, что нужно), например EraserMFT, но работоспособность данного софта не проверена, да и нужное бы не затерла
был бы пустой диск под рукой (в идеале небольшой емкости) без ценной инфы, мог бы сам проверить, сказать.