А вот Winwows придется переустанавливать.
В самый первый момент, когда еще нет графической моды, но уже появилась полоса загрузки, внизу начинают появляться надписи типа "нажмите F6 для загрузки драйвера дискового устройства", именно в этот момент и надо жать F6, подсунуть драйвер контроллера. Тогда в дальнейшем при выборе дискового раздела для установки ОС будет виден Ваш винчестер.