Думаю винты стоит таки не по центру ставить а ещё выше к потолку задрать, греется всё таки плата и двигатель, и то и другое находятся с нижней стороны, и плата ессно перегрев не любит, насчёт перегрева незнаю, у меня такая же WD как-то два дня в корпусе без обдува не выключаясь стояла и нормально, перегонял инфу со старых хардов на неё, и на ощупь и по темературе не выше 30 градусов. Обязательно сделай чтоб внутренние вентиляторы регулировались по скорости, как то подобное делал в корпусе от видака, жуткий пылесос был если все на полную запустить
(громко всмысле)
По поводу крепления хардов, я делал их на ножках, ножки делал из шестигранных винтиков которые на разъёмах(VGA, LPT и т.д.) материнских плат стоят. снизу их болтиками сквозь корпус прикручивал, а на них хард клал дырочками, можно было бы прикрутить но резьба разная, если только найти подходящие, поидее должны подойти те, которыми материка к корпусу крепится.