Я так понял, БП расположен вертикально. Собственно так и располагать, в чём проблема? :)
Если не достаточно места, то БП можно сверху разместить. Как-бы на корпус положить. Не забыв замоддить его.
Вот примерно такой вариант:
http://www.tehnari.ru/viewtopic.php?id=944&p=1 (внизу, десятый пост)
Если оставлять в системнике, то можно поставить в него вентиль помощнее (и покрасивее :)), пускай тёплый (горячий) воздух выкачивает. Или ещё один установить (выезав отверстие для него).
Держатели для винчестеров? Если охлаждение нормальное, то можно оставить как есть. Лучше, конечно либо перед вентилятором их поставить. Либо специальное охлаждение сделать. Ресурс зависит от температуры.