Воспользуйтесь редактором загрузки, для того, чтобы убрать Висту из списка грузимых ОС. Затем из-под второ ОС удаляйте папки Висты, если не удаляются, то загрузитесь либо с LiveCD, либо VistaPE и оттуда без проблем удалите их. Можно ещё попробовать Total Commander ;)