Импульсы широтно-импульсной модуляции следуют со сравнительно высокой частотой, и будут интегрироваться инерцией вращающегося якоря двигателя. Двигатель попросту "не заметит", что питается не постоянным напряжением, а импульсным. Из-за ШИМ частота вращения двигателя колебаться не будет.
Но, необходимо, чтобы двигатель вообще мог работать при таком постоянном напряжении, при котором предположительно обеспечивается нужный расход (1 литр/час в Вашем случае). Иначе автоматика будет его дергать постоянно, то разгоняя, то выключая, а часто повторяющиеся пусковые режимы двигателю на пользу не пойдут.