Вы, я так понимаю, перенесли папку с программой из Program Files. А настройки там не хранятся.
Цитата из гугла:
« По умолчанию все данные The Bat сохраняются в папке:
C:\Users\ИмяПользователя\AppData\Roaming\The Bat!»
Вам нужно и содержимое этой папки перенести на новый ПК, если Гугл не врёт.
Фильтры (сортировка писем) настраивается пользователем индивидуально для каждого почтового клиента. Можно на разных ПК настроить разную сортировку. На почтовом сервере эти настройки не применяются.
Что касается периода обновления, он тоже задаётся в настройках. По умолчанию составляет 10-15 мин. Проверка новой почты производится 1 раз в этом интервале. Его можно сократить.