Реле бывают разные. У некоторых ток переключения 80ma, у некоторых - 1A. Это первая проблема.
Вторая (и главная) проблема - импульсы напряжения при включении и отключении реле - они связаны с индуктивностью обмотки. Это исправляется установкой диода в обратном направлении параллельно обмотке, а также электролитического конденсатора на 1000 мкф, также параллельно.
Вывод: я не рекомендую подключать реле к материнской плате, лучше отдельно к БП, вместе с установкой защитного диода (1N4007) и электролитического конденсатора 16V 1000 мкф. Также можно добавить еще деталей, и снизить ток через обмотку реле во время удержания контактов - меньше будет выделятся тепла.
http://easyelectronics.ru/upravlenie...a-chast-1.html