В конце 1990-х годов на станции начались многочисленные проблемы из-за постоянного выхода из строя различных приборов и систем. В январе 2001 года правительство Российской Федерации приняло решение о затоплении станции. В числе причин официально были названы: выработка ресурса станции, происшествия и аварии на станции, дорогое обслуживание (ок. $200 млн в год).
Предлагались многочисленные проекты по спасению станции. Например, во время визита в Россию президента Ирана Хатами, иранская делегация выразила заинтересованность в покупке станции «Мир». Иран предложил финансировать станцию в течение ещё двух или трех лет, Россия же, со своей стороны, должна была готовить иранских космонавтов. Тегеран интересовался военным использованием станции, так как оборудование, находящееся на станции, несло двойную нагрузку — гражданскую и военную. В частности, станция «Мир» могла фиксировать пуски крылатых ракет и передвижение разных летательных аппаратов.
Утверждалось, что окончание программы «Мир» приведет к сокращению более 100 тысяч рабочих мест высококвалифицированных научных и инженерно-технических работников. Для внутриполитической ситуации это привело бы к росту социальной напряженности и ликвидации современных наукоемких производств: последние в случае правильно поставленного менеджмента могли бы в будущем стать основой роста благосостояния страны.
Тем не менее, орбитальная станция «Мир» была затоплена на "ККК" (кладбище космических кораблей) в Тихом океане 23 марта 2001 года по причине устаревания оборудования и недостатка финансовых средств на её поддержание.