Попробуй AOMEI Partition Assistant. Давно это было и уже не помню какая-то из программ мне отформатировала. Может эта. Там должна выскочить предупреждение и надо поставить игнорировать все. Флешку можно выкидывать, когда будет нет носителя. А остальное поправимо. HDDLowLevelFormatPortable тоже у меня не справился. Хотя можешь попробовать.