Для начала не стоит хранить нужные данные на системном разделе (рабочий стол к примеру это системный раздел).
Если Винда глюкнет можно будет переустановить без потери данных (программы не в счёт, это не семейное фото, заново поставить не проблема).
После того как установили, упаковали программами и настроили Винду создайте образ при помощи прог типа Acronis, Norton Ghost и им подобных. Не забыв создать загрузочные версии программ на флешке/диске. Дело недолгое.
Ну и конечно всё особо важное дублируйте на внешние носители.