В плане программирования они не отличаются. Выбор формфактора определяется исключительно желанием владельца и типом проектируемого устройства.... :-)
Для начала можно ознакомиться
Книга Massimo Banzi Getting Started with Arduino (2011) на русском, к сожалению, не встречал,
Книга Джереми Блума "Изучаем Ардуино - Инструменты и методы технического волшебства" и видеоуроки по ней на ю-тубе.
И вот еще :