PowerSW - провода от кнопки включения. Если вы включаете компьютер с кнопки - они не являются причиной.
PowerLED - провода от светодиода питания, если после включения он горит - значит, правильно подключили.
IDE LED - провода от светодиода HDD на "морде" системника. Если он мигает при включении и обращении к винчестеру - все верно.
SPEAKER - провода от системного динамика. Если при включении слышно один короткий звуковой сигнал -значит, все нормально, тест прошел успешно. На очень старых материнских платах, неправильное подключение или отсутствие динамика могло привести к отказу компьютера загружаться. Но на современных "матерях" это уже устранили.
Единственно, если вы подключили неправильно USB-шлейфы к контакторам на мамке, то, в зависимости от распайки, могут быть глюки в работе компьютера. Так что пока лучше отключить внешние USB-порты от материнской платы на всякий случай.