Может на мат.плате выключен контроль над скоростью вентиляторов. Есть такая бяка, включаешь- и они крутятся с разной скоростью, в зависимости от нужды. А выключишь- так на всю шуруют всё время! :D
зы. поищи в Биосе чтото типо "Fan Speds Control" Если там "Disabled", то это оно!, делай ему "Enabled".