скорее всего, это использование загрузочного Live.CD, созданного на базе BART PE, или miniXP, в котором не поддерживается работа с цифровым каталогом. (поэтому большинство системных файлов оказывается без цифровой подписи). Работа с каталогом безопасности поддерживается начиная с WinPE, созданных на базе Vista или Win7.
--------
т.е. лучше использовать для исследования и получения образа системы Winpe на базе Win7.