у меня что-то подобное случалось. но как не странно это выглядит, появилась проблема после установки мэйл агента. а после его удаления, стало все работать нормально. может совпадение и у меня в тот момент просто было установлено слишком много программ, а может и нет. может и вам поэксперементировать.
а так знаю, что такие программы, как торрент могут сильно тормозить систему. я его запускаю, чтобы скачать чего-нибудь только когда компом не пользуюсь. особенно это касается не мощных машин.
вам еще надо сделать многие вещи для проверки, как то исправление ошибок реестра, чистка папки темп и т. п. вообщем все, что повысит производительность.
кстати, жесткий диск не слишком забит?