Вообще то в одной из тех ссылок что я давал как раз и написано про чистку реестра и автозагрузки. Насчет восстановления системы я имею ввиду вставить диск с Windows загрузиться с него и выбрать "восстановить имеющуюся копию" . Никакие программы и данные не потеряются. И вообще, пробуйте загружаться по очереди винчестеры отключая, тогда и ясно станет программная или "железная" ошибка. Предварительно создайте образ системного раздела с помощью например Acronis.