Попробуй в реестре заново указать путь к Explorer, или положи в другую папку и укажи туда путь. И еще один совет прицепи винт на другой заведомо чистый комп, и там попробуй погонять на вирусы.
В ветке HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Image File Execution Options, посмотри там раздел Explorer.exe если есть удали.