Напишу, вдруг поможет.
У меня примерно (не помню, такое или нет сообщение) то же самое бывает, когда при включении криво загружается антивирус (AVAST!). Кривая загрузка проявляется в отсутствии агента в трее. Если этого не заметить и не перезагрузить комп, то на работе это не сказывается до момента выключения. А вот при выключении он зависает минут на пять.