А просто восстановить раздел жёсткого диска, без переноса файлов никак нельзя?

Неизвестно. Ну, Вы же уже начали вытаскивать, дотащите уж...

Первый диск восстановился без проблем, а вот второй что-то не хочет. Попробовал восстановить этой-же программой она увидела только половину папок (самую нужную не увидела) и почему-то 90% файлов повреждены.

Слетал и у меня логический диск. Восстанавливал все с помощью R-Studio, проблемм не было.
По сути формат раздела - маленький информационный файл, скрытый от пользователя (если, конечно, разговор не о полном форматировании). Так что если ничего не делать с разделом жесткого диска то можно все восстановить, если он физически не испорчен.