Вообще считается правильным физический диск делить как минимум на два: один для системы и программ, которые тесно с ней взаимодействуют, а второй и последующие - для игр, музыки, фильмов и всякой остальной порнухи. И при установке программ не валить все в папку ц:\програм файлс. Тогда и места на системном диске будет достаточно, и дефрагментация практически не нужна будет. Ну и не пихать какие попало флешки во избежание неприятностей. А почистить системный диск и не затронуть систему невозможно. Винда - это такая сволочная система, которая продукты своей жизнедеятельности (читай -дерьмо) за собой не убирает, а на попытку убрать за ней реагирует очень нервно. Поэтому ее нужно периодически сносить подчистую и устанавливать заново, либо сделать бэкапный диск сразу после установки и восстанавливаться с него.