На Windows-системах BackUp чистой системы после установки всех программ + периодически делать резервную копию реестра.
После подобной проверки на вирусы сделать
восстановление системных файлов с системного диска.
Антивирусы обычно удаляют файлы, которые подменяют системные, но фактически являются зараженными (или производят присущие вирусам действия). Подмена может осуществляться по разному - прописыванием себя в качестве системного в реестре с автозапуском или удалением оригинального системного файла (обычно после перезагрузки системы).