Попробовать переключиться на другую консоль: клавиши Ctrl-Alt-F1. Логинимся рутом, делаем, что надо. Возврат обратно в графику - Ctrl-Alt-F7.
Кстати, порекомендую потом еще и обновить initrd. В консоли:
cd /boot
ls
Смотрим конкретно имя файла initrd-....
Например, это файл initrd-3.5.0-19-generic
Далее:
rm initrd-3.5.0-19-generic
update-initrams -c -k 3.5.0-19-generic
Все.