В какую сторону мотать действительно без разницы. Вопрос только в том, какие будут вторички. Если требуется намотать вторичку для двухполярного питания с отводом от середины, то такую обмотку лучше мотать двойным проводом, а потом начало одного провода соединить с концом другого - будет средняя точка. Такая намотка обеспечит равенство напряжений даже в случае ошибок в количестве витков, кроме того, равенство напряжений будет поддерживаться при изменении нагрузки.