Раз уж взялись переустанавливать Windows, то ставьте на чистый диск, то есть, при установке удалите системный (и 100Мб у семёрки) разделы и создайте их заново.
Если нужны какие-то данные, загрузитесь с какого-нибудь LiveCD и сохраните эти данные куда-нибудь.