Можете устанавливать поверх.
Во время разбивки диска укажете место, где хотите установить linux.
Я переустанавливал поверх предыдущей (тоже мною убитой) и поставил всё на прежние разделы. Так вот Linux, не только переустановился не задев Windows, он восстановился со всеми настройками программ, которые я делал в прежней версии! (но я ставил debian на debian)
Может это важно, но пароль root, я оставил таким-же как и в "убитой"